神戸ビーフの将来的な安定生産にじわりと影が差している。他県の遺伝子を導入しない「閉鎖育種」や霜降り重視の改良方針によって近親交配が進むなか、流産や子牛の発育不良の発生率は上昇傾向にある。県はゲノム（全遺伝情報）解析で県産和牛を15タイプに分類し多様な遺伝子の確保を図るが、効果は未知数。神戸ビーフは持続可能な将来像の模索を迫られている。.
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