Markrams Behauptungen lösten allerdings schon damals bei Neurowissenschaftlern große Skepsis aus: Man wisse nicht genug über die Vernetzung der Neuronen, hieß es, man wisse auch nicht, welches Abstraktionsniveau des Modells notwendig sei, und wie man die natürliche Variabilität echter Neuronen auf das Modell übertragen sollte.
Der Konflikt um die Ausrichtung des Projektes entzündete sich jedoch nicht an theoretischen oder konzeptionellen Fragen, sondern am Geld. Diedes Filmemachers Noah Hutton, der Markram und sein Projekt über 15 Jahre begleitete, zeigt das sehr eindrücklich: Weil Markram den Schwerpunkt des Projektes auf die Computing-Infrastruktur und die Entwicklung der Simulation gelegt hatte, fürchteten viele eher traditionell ausgerichtete Hirnforscher um ihre Gelder.
Im Februar 2015 wurde die bisherige Leitung des Projektes abgesetzt und durch ein neues Gremium ersetzt. Markram war faktisch aus dem Spiel und konzentrierte sich nun wieder auf das Blue Brain Project.
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