納骨堂は２基あり、開発で取り壊された神座原古墓群（市玉城富里）にあった計７８体の人骨が納められている。納骨堂内の石厨子にあった人骨３体のミトコンドリアＤＮＡ分析を行ったところ、それぞれから沖縄を含む日本、西ヨーロッパ・中央アジア、朝鮮半島に由来するミトコンドリアＤＮＡが検出された。
赤外線カメラで撮影した結果、石厨子は１７０６年に制作されたと推定される。３体は１５～１６世紀ごろに生存しており、没後１００年近くたっても出自や経歴が伝えられ、石厨子に納められたと考えられる。松下館長は「一つの石厨子に入っていたということは同族として認められ、広い意味で血縁関係があったと判断している」と説明した。 ３体とも頭部の形は異なるが上肢や下肢の骨はほとんど変わらず、同じ生活様式を過ごしたと推測される。西ヨーロッパ・中央アジア由来のミトコンドリアＤＮＡを検出した人骨の男性は大腿（だいたい）骨から身長１４８センチほどしかなく、かなり低いという。「異国から人が来たことは間違いない。ともに共同体をつくり、地域コミュニティーをつくっていたということは、この時代から多様性を認めていたということ。沖縄の人にも誇りに思ってほしい」と話した。
👻京大はホ〜ネ〜か〜え〜せ〜 沖縄に💓愛を！百按司に💀骨を！
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