Nederländska PSV Eindhoven tog ledningen efter en halvtimme. Den tidigare storstjärnan Mario Götze, som avgjorde VM-finalen 2014 för sitt Tyskland, satte 1-0.
Kort därefter kvitterade Adnan Januzaj för baskerna och sedan fyllde Isak på till 2-1 från nära håll.
Målet var den 21-årige svenskens första i klubblaget den här säsongen efter att han gått mållös i tre raka matcher i spanska ligan. Målet var också hans första i en europeisk storturnering.
– Det är kul såklart. Men för mig spelar det ingen roll var jag gör mål, säger Isak.
I början av den andra halvleken briljerade Götze igen då han tunnlade mittbacken Aritz Elustondo och spelade fram till Cody Gakpo som kvitterade.
I den 83:e minuten byttes Isak ut till förmån för det norske nyförvärvet Alexander Sörloth. PSV tryckte på för ett segermål, men matchen slutade 2-2.
– Vi visste att det skulle vara tufft. Det är ett lag som spelar fin fotboll, men vi hade också mycket chanser, säger svensken.
I gruppens andra match slog Monaco österrikiska Sturm Graz med 1-0.
