Depuis le début de l'épidémie de Covid-19, plusieurs variants – appelés Alpha, Beta, Gamma, Delta ou encore Kappa – n'ont cessé de relancer la contagiosité. Mais ces dernières semaines, seul le variant Delta résiste et aucune nouvelle mutation ne semble émerger.
«Les variants Alpha, Beta et Gamma ont fortement régressé au niveau mondial au profit du variant Delta, même dans les régions dans lesquelles ils étaient majoritaires (Europe et Amérique du Sud pour Alpha, Afrique du Sud pour Beta, Amérique du Sud pour Gamma)», explique Santé Publique France, qui souligne que Delta représente «plus de 99 % des séquences déposées depuis un mois».
«Delta a remplacé les autres variants»
«Il faudrait un variant encore plus transmissible pour déloger Delta, ce qui n’est pas le cas actuellement», a ainsi admis Nathan Peiffer-Smadja, infectiologue à l’hôpital Bichat de Paris, à Ouest-France. De fait, «Delta a rapidement remplacé les autres variants du SARS-CoV-2 au niveau mondial», rappelle Santé Publique France dans son dernier bulletin daté du 13 octobre.
Une conclusion partagée par Yannick Simonin, maître de conférence en virologie, qui estime que «le variant Delta est tellement contagieux qu’il écrase la concurrence entre variants». Ce spécialiste des virus émergents souligne également la faible «capacité de mutation» du variant Delta. «Il a une boîte à outils pour se transformer qui est limitée», relève-t-il dans Ouest-France.
La vaccination est un vrai rempart
Une situation de relatif répit dans le regain de l'épidémie, qui doit uniquement au fait que la population continue à se faire vacciner. «La vaccination et les gestes barrières demeurent très efficaces contre ce variant», peut-on lire dans la dernière analyse du risque de SPF. Pour autant, Santé Publique France assure que si «aucun autre variant ne semble prendre de l’ampleur dans le contexte actuel», il est «impossible de déterminer si cette situation va se maintenir durablement».
Autre constat, les vaccins les plus utilisés en France (Pfizer-BioNtech et Moderna) conservent une efficacité vaccinale «élevée» contre les formes symptomatiques et «très élevée» contre les formes sévères du variant majorité Delta. La vaccination permet donc de casser la contagiosité de ce variant et de le rendre moins violent, mais surtout de réduire sa capacité à se séquencer et à muter.
Mais pas question de se reposer sur les résultats de cette accalmie pour Santé Publique France, qui juge «nécessaire de maintenir une surveillance renforcée des variants minoritaires, des sous-lignages de Delta et des mutations additionnelles acquises par Delta, afin de détecter tout changement phénotypique qui pourrait aggraver son impact en santé publique».
Pour cela, en France en tout cas, cette surveillance s’appuie sur une forte activité de séquençage, actuellement «en mesure de détecter tout signal précoce d’augmentation de la circulation d’un nouveau variant» selon SPF. Pour chaque test réalisé, et dès qu'il y a un doute, le prélèvement est donc analysé pour déterminer s'il est touché par un variant déjà connu, ou par un nouveau dont on ne connaîtrait pas encore l'existence.