O secretário foi preso pela Polícia Federal na casa dele, no bairro dos Jardins, na Zona Oeste de São Paulo, na manhã mesma quinta, por suspeita de fraudes em contratos da área de saúde nos períodos em que foi deputado federal e ministro.

Baldy é um dos alvos da Operação Dardanários, que apura desvios na Saúde no Rio de Janeiro e em São Paulo, envolvendo órgãos federais. Em nota, o governo do estado afirmou que a licença dele da pasta de Transportes será por trinta dias, para que ele possa se defender das acusações da Lava Jato.

"Alexandre Baldy pediu licença do cargo de Secretário de Transportes Metropolitanos do Estado de São Paulo pelo período de 30 dias, a partir de amanhã, dia 7, para se concentrar exclusivamente na sua defesa", disse o governo paulista.

Em nota e postagens publicadas nas redes sociais, o governador João Doria (PSDB) chegou a negar alterações na pasta e defender a manutenção do secretário no cargo. Ao anunciar a licença do secretário preso, o governo de São Paulo reiterou confiança no trabalho dele.

"Alexandre Baldy tem demonstrado competência, dedicação e postura idônea no exercício da sua função no Governo de São Paulo. À frente da Secretaria de Transportes Metropolitanos, Baldy retomou obras de mobilidade, garantiu a renovação da frota de ônibus intermunicipais e acelerou a construção de cinco novas estações do Metrô", afirmou o Palácio dos Bandeirantes.

Antes de assumir o cargo no governo paulista, Alexandre Baldy foi deputado federal por Goiás e ministro das Cidades no governo do ex-presidente Michel Temer.

Segundo a investigação da Polícia Federal, ele usou da influência dos dois cargos para intermediar contratos, sobre os quais ganharia um percentual.

A TV Globo apurou ainda que, entre os contratos investigados, estão o de Organizações Sociais (OSs) com o Hospital de Urgência da Região Sudoeste Dr. Albanir Faleiros Machado (Hurso), em Goiás; com a Junta Comercial Goiana e com a Fundação Nacional de Saúde (Funasa/Fiocruz).

Baldy teria oferecido vantagem a um colaborador para não entregar o esquema.

Em nota, a assessoria do secretário negou as acusações e disse que tomará providências para revogar a prisão temporária.

O texto diz ainda que "foi desnecessário e exagerado determinar uma prisão por supostos fatos de 2013, ocorridos em Goiás, dos quais Alexandre sequer participou. Alexandre sempre esteve à disposição para esclarecer qualquer questão, jamais havendo sido questionado ou interrogado, com todos os seus bens declarados, inclusive os que são mencionados nesta situação. A medida é descabida e as providências para a sua revogação serão tomadas".

De acordo com a PF, foram apreendidos R$ 90 mil em um imóvel do secretário em Brasília. Dois dias antes da prisão, Baldy pediu afastamento do cargo para tratar de assuntos particulares. Nas redes sociais, ele divulgou fotos dizendo estar em Brasília.

Em nota, a Secretaria dos Transportes Metropolitanos disse que "colaborou junto à PF enquanto estiveram no prédio. Após as buscas, nenhum documento ou equipamento foi levado pela Polícia Federal."

A prisão do secretário é uma das seis expedidas pelo juiz federal Marcelo Bretas, da 7ª Vara Federal do RJ na operação.

Ao menos outras duas pessoas foram presas na operação: o pesquisador da Fiocruz Guilherme Franco Netto e o ex-presidente da Junta Comercial de Goiás (Juceg) Rafael Lousa. Foram expedidos mais três mandados de prisão, mas o nome dos alvos não foi divulgado.

A operação é um desdobramento das investigações realizadas no âmbito das operações Fatura Exposta, Calicute e SOS.

Os suspeitos responderão pelos crimes de corrupção, peculato, lavagem de dinheiro e organização criminosa.

Segundo a PF, dardanários são "agentes de negócios, atravessadores que intermediavam as contratações dirigidas".